『壹』 高通量測序 數據量1g是指什麼
數據量是讀長與測序reads數之積。1g是1000M,1M是100萬
『貳』 如何做好動物疫病監測工作
為全面掌握高致病性禽流感、口蹄疫等主要動物疫病的病原分布和流行趨勢,科學評價免疫效果,准確把握疫情動態,及時消除疫情隱患,進一步發揮監測工作的作用,各級動物疫病預防控制機構要按照國家動物疫病監測計劃的總體部署和要求,在扎實做好本行政區年度動物疫病監測和流行病學調查等常規工作的基礎上,重點以「定點、定期、定量、定性」為監測模式,積極探索適合本地動物疫病防控工作需要的監測機制,確保全年監測工作規范、有序和科學地開展,為動物疫病監測和疫情形勢的分析評估奠定堅實基礎。 一、加強領導,高度重視,切實做好全年動物疫病測報工作 動物疫病監測是各級動物疫病預防控制機構的法定職責,是動物疫病防控工作的重要基礎,是評估重大動物疫病強制免疫及防控效果的基本手段,也是進行流行病學調查和疫情分析評估的關鍵環節。通過監測可以發現和分析動物病原的多樣性、變異性和動態分布,研究動物疫病流行規律,為實現動物疫情的預警預報奠定基礎,為制定和改進動物疫病防控政策和措施提供科學依據,為實現動物防疫目標以及控制、消滅和根除動物疫病提供重要保證。各省級動物疫病預防控制機構要充分認識監測工作的重要基礎作用和指導意義,主要領導同志要親自抓落實,不斷提高工作人員的責任意識和工作能力,嚴格按照國家動物疫病監測計劃的要求,真正將全年動物疫病測報工作落到實處,抓出實效。 二、提高認識,加強宣傳,積極營造有利於測報工作的良好環境 各級動物疫病預防控制機構要積極樹立「遵循規律預防疫病,監測先行准確分析,預警預報化解風險」的理念,加強宣傳,轉變觀念,正確對待疫情發生和科學分析病原學監測陽性。要進一步明確疫情發生是一種自然現象,不以人的意志為轉移,不能簡單地把發生疫情等同於獸醫部門失職,關鍵是要把各項防控措施落到實處、預防疫情的發生,而一旦發生疫情,要堅決做到「早發現、早報告、早診斷、早處置」,把疫情控制和消滅在最小范圍,防止其擴散和蔓延。病原學監測是早發現早處置疫病的基礎,病原學檢測陽性結果既是疫控機構監測工作的成績,更是能力和技術水平的體現,是實現「預防為主」方針的基礎環節。各級動物疫病預防控制機構應加大宣傳力度,制定相關制度,積極營造有利於開展疫病監測和疫情報告工作的內外部環境,不斷加大病原學監測和報告力度,據實上報監測結果,確保及時發現疫情隱患,迅速採取有效措施,將疫情消滅於萌芽狀態,從而充分發揮監測的功能,履行疫控機構的職責。 三、合理布局,科學布點,扎實做好定點監測工作 各省級動物疫病預防控制機構要根據本行政區域內動物養殖情況、流通模式、動物疫病流行特點和地理環境等特徵,合理設置有代表性的固定監測點,根據不同類別的監測場點,按照生物統計學原理確定監測數量和采樣比例,確保監測樣品的代表性、真實性和樣品質量。每個監測點要做到動物背景清楚,場點主動配合,樣品採集順暢,運送保存規范,風險因素回溯有據。同時,按照疫病監測與流行病學調查相結合的原則,在流行病學調查過程中發現異常情況,及時開展針對性的監測。各省級動物疫病預防控制機構的定點監測工作要採取專人負責制,並及時將固定監測點設置情況及工作方案報國家中心備案,國家中心將根據各地定點監測工作開展和完成情況,適時組織全國定點監測工作的總結分析交流活動,進一步探索研究定點監測機制,推動各地逐步建立全面監測和定點監測相結合的科學監測模式,為科學准確評估全國動物疫病和疫情發生形勢奠定基礎。 四、規范檢測,據實報告,提高分析報告的科學性 各省級動物疫病預防控制機構要嚴格按照檢測試劑和檢測方法相統一的原則,確保檢測工作科學規范,並據實上報監測結果。要不斷強化對監測數據和疫情信息的分析評估工作,定期開展分析評估活動,不斷提高分析評估的科學性和時效性,及時向獸醫行政主管部門提供分析評估報告,為全面掌握疫情形勢和科學制定防控決策提供依據。我中心將在全國或區域范圍內建立疫病監測與疫情信息的交流平台,充分利用監測數據進行疫情分析,對動物疫病發生和發展趨勢進行科學評估,向主管部門提供政策和決策建議,逐步探索建立健全適應我國國情的重大動物疫情預警預報的方式方法和科學監測工作的考評機制。 五、強化組織,保障人員,確保各項工作按計劃執行 各省級動物疫病預防控制機構要強化監測組織和保障工作,確保人員到位、職責到位、責任到位、保障到位,加強技術培訓,提高檢測能力,確保工作質量,保證各項工作順利開展。
『叄』 糞便宏基因組測序拼接需要多大數據
是人的腸道微生物宏基因組測序嗎?
一般腸道微生物shot gun測序為6-10G的數據量。
『肆』 動物實驗分組和樣本量需要多少啊
簡單隨機分組(simplerandomization)可將研究對象以個人為單位用擲硬幣(正、反兩面分別指定為實驗組和對照組)、抽簽、使用隨機數字表,也可採用系統隨機化法,即用現成的數據(如研究對象順序號、身份證號、病歷卡號、工號、學號等)交替隨機分配到實驗組和對照組中去。隨機分組後,當樣本量較大時,每組不完全相等,一般可進行實驗研究,當樣本量較小時,每組內個體數量相差較大,則需要再重新隨機分組,直至達到預定的均衡要求。
『伍』 NIPT需要多大的數據量
1.測序原理依然是CG一直用的Sequencingbyligation(SBL)而非illumina家明顯占優勢的Sequencingbysynthesis(SBS)。雖然CG在前一段時間買了SBS的專利,但在這款測序儀上明顯沒有使用。28bp的讀長應該是4個7mer連起來的長度。2.讀長是28bp。50xcoverage一個WGS,每年10000個WGS,一個run跑8天來算的話,一個run的通量大概是32.8T,就數據量講,絕對是測序儀中航母的體量的#當然佔地面積更是#。准確度按照官方的話說應該是「unbelievableaccuracy」,大概錯誤率是1E-6這個級別,顯然是比任何面試的測序儀正確率都遠遠要高。但是請不要忽略了CG這台測序儀的讀長只有28bp,而請考慮把illumina的讀長從250bp和150bp砍到28bp再比較正確率的情況。3.1先說優勢。數據產量巨大,因而單位成本一定很低,適合做人類基因組的重測序。CG打從出生就標榜是「人類基因組重測序的最佳測序平台」。28bp的讀長,復雜度低的「人類」基因組(或是外顯子組)處理起來尚且算是得心應手。28bp只能做重測序,組裝什麼的還是擼擼睡吧。而對於NIPT以及類似的技術,測序過程就是「堆砌數據量」,僅需檢測拷貝數變化而不關注覆蓋度和SNP水平的變異,CG這款新機器可能是非常好的選擇(我不是很確定的是,28bp這個長度是否可能對大規模混樣而需要許多復雜度較高的barcode什麼的造成一定的麻煩)。而類似於未來的面向腫瘤無創早起篩查的游離腫瘤細胞(ctC)檢測,游離腫瘤DNA(ctDNA)檢測,以及面向產前胎兒基因組測序的胎兒有核紅細胞(FNRBC)檢測,所測絕大部分數據將是無用數據,CG這種「數據不要錢」的平台的優勢可能就會顯現。不就是堆數據量么,咱在行。3.2劣勢嘛,數據量太大也是一個劣勢——湊不滿run,一般人根本跑不動。參考HiseqX尷尬的現狀。然後讀長是硬傷,所以除了「人類」「重測序」以外,幾乎沒法應用於別的領域了(熊貓那種比人類基因組復雜度還要遠低的大概還是可以啦)。以及28bp對pooling時barcode的影響,表示略擔心。其他的,參考CG以前的機器,其運行穩定性是個考驗,畢竟8天時間不短,反應量數據量都巨大,不知道會不會很容易需要「售後」。
『陸』 16 s 測序 一個樣本多少數據
這個要看研究的對象,拿研究最多的腸道微生物來說,一般16SrDNA測序為2W-4W條reads(454的話長度大概在平均500多,MISEQ平台為400多或者500多bp),關注區域為V3-v4區。環境微生物的,一般reads數也大概這么多。
做完測序的時候會做豐度分析,可以看出來你測序的數據量是否滿足你研究。
『柒』 宏基因組測序pe150組裝成500bp片段需要多少數據量
宏基因組是指特定環境中全部生物(微生物)遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定,以獲得單個樣品的飽和數據量,可進行微生物群體的基因組成及功能注釋,微生物群體的物種分類,多樣性分析,群落結構分析,樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究,探索微生物與環境及宿主之間的關系,發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比,基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫,這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差,簡化了實驗操作,提高了測序效率。此外,宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制,擴展了微生物資源的利用空間,為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性,挖掘具有應用價值的基因資源,應用於開發新的微生物活性物質,為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。技術流程生物信息分析1.原始數據整理、過濾及質量評估2.基於物種豐度分析:♦物種豐度列表♦稀釋曲線3.基於物種豐度分析:♦豐度分布曲線圖♦生物多樣性指數(α多樣性)列表♦物種豐度差異性分析列表♦多樣品物種分布柱圖♦豐度差異物種聚類分析♦PCA圖♦Krona圖4.基因豐度列表:♦提取基因分級注釋豐度列表(KO、NOG、subsystem)♦功能基因列表♦生成venn圖♦基因豐度差異性分析列表♦豐度差異基因聚類分析♦富集分析(KO)樣品要求1、樣品採集:樣品採集條件的一致是最為重要的環節,嚴格按照采樣標准采樣,采樣後立即封存樣品冷凍保存。2、樣品DNA:環境因素異常復雜,許多物質或抑制因子影響後續PCR、測序文庫構建和序列測定,常規提取方法不一定適合,建議採用專用試劑盒提取。DNA濃度≥20ng/μl,總量≥6μg(熒光定量),並確保電泳檢測無明顯RNA條帶,基因組條帶清晰、完整;基因組DNA完全無降解;提供DNA電泳檢測照片,用自封袋密封後隨樣品一起送樣;組織樣品﹥1.5g。3、樣品保存期間切忌反復凍融。4、送樣管務必標清樣品編號,管口使用Parafilm膜密封。
『捌』 噬菌體基因組測序一般數據量是多少
目前已經完成基因組測序的三大類微生物主要是
1、細菌,例如大腸桿菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌等
2、真菌,例如釀酒酵母、黑麴黴、產黃青黴、粗糙脈胞菌
3、病毒,T噬菌體、170
『玖』 solexa測序中提到的reads 和數據量G是怎麼計算的。
reads
是指測出來的序列。M、G等都是和數學單位一樣的。數據量1G指1G個鹼基,*
M
reads指
*百萬條
reads.
『拾』 求助,小RNA測序數據量的問題
你的問題描述不清楚,需要描述一下是否是PE測序,1.5G是1.5Gbp還是1.5GB。
我按照PE測序101和1.5Gbp給你計算,就是1.5*10^9/100=1.5*10^7(條reads)=15M條reads