‘壹’ 高通量测序 数据量1g是指什么
数据量是读长与测序reads数之积。1g是1000M,1M是100万
‘贰’ 如何做好动物疫病监测工作
为全面掌握高致病性禽流感、口蹄疫等主要动物疫病的病原分布和流行趋势,科学评价免疫效果,准确把握疫情动态,及时消除疫情隐患,进一步发挥监测工作的作用,各级动物疫病预防控制机构要按照国家动物疫病监测计划的总体部署和要求,在扎实做好本行政区年度动物疫病监测和流行病学调查等常规工作的基础上,重点以“定点、定期、定量、定性”为监测模式,积极探索适合本地动物疫病防控工作需要的监测机制,确保全年监测工作规范、有序和科学地开展,为动物疫病监测和疫情形势的分析评估奠定坚实基础。 一、加强领导,高度重视,切实做好全年动物疫病测报工作 动物疫病监测是各级动物疫病预防控制机构的法定职责,是动物疫病防控工作的重要基础,是评估重大动物疫病强制免疫及防控效果的基本手段,也是进行流行病学调查和疫情分析评估的关键环节。通过监测可以发现和分析动物病原的多样性、变异性和动态分布,研究动物疫病流行规律,为实现动物疫情的预警预报奠定基础,为制定和改进动物疫病防控政策和措施提供科学依据,为实现动物防疫目标以及控制、消灭和根除动物疫病提供重要保证。各省级动物疫病预防控制机构要充分认识监测工作的重要基础作用和指导意义,主要领导同志要亲自抓落实,不断提高工作人员的责任意识和工作能力,严格按照国家动物疫病监测计划的要求,真正将全年动物疫病测报工作落到实处,抓出实效。 二、提高认识,加强宣传,积极营造有利于测报工作的良好环境 各级动物疫病预防控制机构要积极树立“遵循规律预防疫病,监测先行准确分析,预警预报化解风险”的理念,加强宣传,转变观念,正确对待疫情发生和科学分析病原学监测阳性。要进一步明确疫情发生是一种自然现象,不以人的意志为转移,不能简单地把发生疫情等同于兽医部门失职,关键是要把各项防控措施落到实处、预防疫情的发生,而一旦发生疫情,要坚决做到“早发现、早报告、早诊断、早处置”,把疫情控制和消灭在最小范围,防止其扩散和蔓延。病原学监测是早发现早处置疫病的基础,病原学检测阳性结果既是疫控机构监测工作的成绩,更是能力和技术水平的体现,是实现“预防为主”方针的基础环节。各级动物疫病预防控制机构应加大宣传力度,制定相关制度,积极营造有利于开展疫病监测和疫情报告工作的内外部环境,不断加大病原学监测和报告力度,据实上报监测结果,确保及时发现疫情隐患,迅速采取有效措施,将疫情消灭于萌芽状态,从而充分发挥监测的功能,履行疫控机构的职责。 三、合理布局,科学布点,扎实做好定点监测工作 各省级动物疫病预防控制机构要根据本行政区域内动物养殖情况、流通模式、动物疫病流行特点和地理环境等特征,合理设置有代表性的固定监测点,根据不同类别的监测场点,按照生物统计学原理确定监测数量和采样比例,确保监测样品的代表性、真实性和样品质量。每个监测点要做到动物背景清楚,场点主动配合,样品采集顺畅,运送保存规范,风险因素回溯有据。同时,按照疫病监测与流行病学调查相结合的原则,在流行病学调查过程中发现异常情况,及时开展针对性的监测。各省级动物疫病预防控制机构的定点监测工作要采取专人负责制,并及时将固定监测点设置情况及工作方案报国家中心备案,国家中心将根据各地定点监测工作开展和完成情况,适时组织全国定点监测工作的总结分析交流活动,进一步探索研究定点监测机制,推动各地逐步建立全面监测和定点监测相结合的科学监测模式,为科学准确评估全国动物疫病和疫情发生形势奠定基础。 四、规范检测,据实报告,提高分析报告的科学性 各省级动物疫病预防控制机构要严格按照检测试剂和检测方法相统一的原则,确保检测工作科学规范,并据实上报监测结果。要不断强化对监测数据和疫情信息的分析评估工作,定期开展分析评估活动,不断提高分析评估的科学性和时效性,及时向兽医行政主管部门提供分析评估报告,为全面掌握疫情形势和科学制定防控决策提供依据。我中心将在全国或区域范围内建立疫病监测与疫情信息的交流平台,充分利用监测数据进行疫情分析,对动物疫病发生和发展趋势进行科学评估,向主管部门提供政策和决策建议,逐步探索建立健全适应我国国情的重大动物疫情预警预报的方式方法和科学监测工作的考评机制。 五、强化组织,保障人员,确保各项工作按计划执行 各省级动物疫病预防控制机构要强化监测组织和保障工作,确保人员到位、职责到位、责任到位、保障到位,加强技术培训,提高检测能力,确保工作质量,保证各项工作顺利开展。
‘叁’ 粪便宏基因组测序拼接需要多大数据
是人的肠道微生物宏基因组测序吗?
一般肠道微生物shot gun测序为6-10G的数据量。
‘肆’ 动物实验分组和样本量需要多少啊
简单随机分组(simplerandomization)可将研究对象以个人为单位用掷硬币(正、反两面分别指定为实验组和对照组)、抽签、使用随机数字表,也可采用系统随机化法,即用现成的数据(如研究对象顺序号、身份证号、病历卡号、工号、学号等)交替随机分配到实验组和对照组中去。随机分组后,当样本量较大时,每组不完全相等,一般可进行实验研究,当样本量较小时,每组内个体数量相差较大,则需要再重新随机分组,直至达到预定的均衡要求。
‘伍’ NIPT需要多大的数据量
1.测序原理依然是CG一直用的Sequencingbyligation(SBL)而非illumina家明显占优势的Sequencingbysynthesis(SBS)。虽然CG在前一段时间买了SBS的专利,但在这款测序仪上明显没有使用。28bp的读长应该是4个7mer连起来的长度。2.读长是28bp。50xcoverage一个WGS,每年10000个WGS,一个run跑8天来算的话,一个run的通量大概是32.8T,就数据量讲,绝对是测序仪中航母的体量的#当然占地面积更是#。准确度按照官方的话说应该是“unbelievableaccuracy”,大概错误率是1E-6这个级别,显然是比任何面试的测序仪正确率都远远要高。但是请不要忽略了CG这台测序仪的读长只有28bp,而请考虑把illumina的读长从250bp和150bp砍到28bp再比较正确率的情况。3.1先说优势。数据产量巨大,因而单位成本一定很低,适合做人类基因组的重测序。CG打从出生就标榜是“人类基因组重测序的最佳测序平台”。28bp的读长,复杂度低的“人类”基因组(或是外显子组)处理起来尚且算是得心应手。28bp只能做重测序,组装什么的还是撸撸睡吧。而对于NIPT以及类似的技术,测序过程就是“堆砌数据量”,仅需检测拷贝数变化而不关注覆盖度和SNP水平的变异,CG这款新机器可能是非常好的选择(我不是很确定的是,28bp这个长度是否可能对大规模混样而需要许多复杂度较高的barcode什么的造成一定的麻烦)。而类似于未来的面向肿瘤无创早起筛查的游离肿瘤细胞(ctC)检测,游离肿瘤DNA(ctDNA)检测,以及面向产前胎儿基因组测序的胎儿有核红细胞(FNRBC)检测,所测绝大部分数据将是无用数据,CG这种“数据不要钱”的平台的优势可能就会显现。不就是堆数据量么,咱在行。3.2劣势嘛,数据量太大也是一个劣势——凑不满run,一般人根本跑不动。参考HiseqX尴尬的现状。然后读长是硬伤,所以除了“人类”“重测序”以外,几乎没法应用于别的领域了(熊猫那种比人类基因组复杂度还要远低的大概还是可以啦)。以及28bp对pooling时barcode的影响,表示略担心。其他的,参考CG以前的机器,其运行稳定性是个考验,毕竟8天时间不短,反应量数据量都巨大,不知道会不会很容易需要“售后”。
‘陆’ 16 s 测序 一个样本多少数据
这个要看研究的对象,拿研究最多的肠道微生物来说,一般16SrDNA测序为2W-4W条reads(454的话长度大概在平均500多,MISEQ平台为400多或者500多bp),关注区域为V3-v4区。环境微生物的,一般reads数也大概这么多。
做完测序的时候会做丰度分析,可以看出来你测序的数据量是否满足你研究。
‘柒’ 宏基因组测序pe150组装成500bp片段需要多少数据量
宏基因组是指特定环境中全部生物(微生物)遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定,以获得单个样品的饱和数据量,可进行微生物群体的基因组成及功能注释,微生物群体的物种分类,多样性分析,群落结构分析,样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究,探索微生物与环境及宿主之间的关系,发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比,基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库,这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差,简化了实验操作,提高了测序效率。此外,宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制,扩展了微生物资源的利用空间,为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性,挖掘具有应用价值的基因资源,应用于开发新的微生物活性物质,为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。技术流程生物信息分析1.原始数据整理、过滤及质量评估2.基于物种丰度分析:♦物种丰度列表♦稀释曲线3.基于物种丰度分析:♦丰度分布曲线图♦生物多样性指数(α多样性)列表♦物种丰度差异性分析列表♦多样品物种分布柱图♦丰度差异物种聚类分析♦PCA图♦Krona图4.基因丰度列表:♦提取基因分级注释丰度列表(KO、NOG、subsystem)♦功能基因列表♦生成venn图♦基因丰度差异性分析列表♦丰度差异基因聚类分析♦富集分析(KO)样品要求1、样品采集:样品采集条件的一致是最为重要的环节,严格按照采样标准采样,采样后立即封存样品冷冻保存。2、样品DNA:环境因素异常复杂,许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定,常规提取方法不一定适合,建议采用专用试剂盒提取。DNA浓度≥20ng/μl,总量≥6μg(荧光定量),并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整;基因组DNA完全无降解;提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随样品一起送样;组织样品﹥1.5g。3、样品保存期间切忌反复冻融。4、送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。
‘捌’ 噬菌体基因组测序一般数据量是多少
目前已经完成基因组测序的三大类微生物主要是
1、细菌,例如大肠杆菌、流感嗜血杆菌、金黄色葡萄球菌等
2、真菌,例如酿酒酵母、黑曲霉、产黄青霉、粗糙脉胞菌
3、病毒,T噬菌体、170
‘玖’ solexa测序中提到的reads 和数据量G是怎么计算的。
reads
是指测出来的序列。M、G等都是和数学单位一样的。数据量1G指1G个碱基,*
M
reads指
*百万条
reads.
‘拾’ 求助,小RNA测序数据量的问题
你的问题描述不清楚,需要描述一下是否是PE测序,1.5G是1.5Gbp还是1.5GB。
我按照PE测序101和1.5Gbp给你计算,就是1.5*10^9/100=1.5*10^7(条reads)=15M条reads